Le Mossad fait partie des agences de renseignement israéliennes comme, entre autres, l’Aman (renseignement militaire) et le Shabak (sécurité intérieure), mais son directeur ne rend compte — contrairement au Shabak — qu’au Premier ministre, qui le nomme et peut proroger son mandat (cas de Meïr Dagan) et autorise seul les éventuels assassinats (il peut éventuellement en informer le ministre de la Défense).
Le Mossad se compose de 8 divisions, mais le détail de l’organisation interne de l’agence est classifié.
- Renseignement : la division du renseignement est la plus importante. Elle est responsable des opérations d’espionnage à l’étranger à travers ses antennes officielles ou clandestines. Ce département se divise lui-même en bureaux, chacun d’entre eux étant responsable d’une zone géographique, des antennes qui s’y trouvent, et des agents qui y opèrent.
- Recherche & Étude : la division de la Recherche est responsable de l’interprétation des renseignements. Elle fournit un rapport quotidien, un bulletin hebdomadaire et un carnet mensuel détaillé. Ce département se divise en 15 zones géographiques qui sont les États-Unis, le Canada, l’Europe de l’Ouest, la CEI, la Chine, le Maghreb (Maroc, Algérie, Tunisie), la Libye, l’Égypte, le reste de l’Afrique, l’Irak, la Jordanie, la Syrie, l’Arabie saoudite, les Émirats arabes unis et l’Iran. Un bureau annexe suit l’évolution des projets d’armement des pays voisins.
- Guerre psychologique : cette division, appelée Lohamah Psichologit, s’occupe de la guerre psychologique, de la propagande/contre-propagande et des opérations de mystification/démystification.
- Technologie & techniques : division responsable la création et du développement de technologie et de technique pour le Mossad.
- Planification, coordination & relations internationales : la division des relations internationales s’occupe des relations et des opérations communes avec les agences des pays amis, mais aussi avec les pays n’entretenant pas de relations normalisées avec l’État d’Israël. Dans les antennes de grande importance comme Paris, le Mossad dispose, sous le couvert de l’ambassade, d’un responsable affilié à la division de l’Information et d’un responsable des Relations Internationales.
- La division des opérations spéciales : la division des opérations spéciales (METSADA en hébreu) conduit les opérations paramilitaires, de sabotage et d’assassinat.
- Formation.
- Administration.
